古代DNA(从早已死亡的东西中分离出来的DNA，比如亚化石骨骼, 木乃伊或博物馆标本)方法在保护和进化遗传学的研究中非常有用. 这些方法的仔细应用使保护基因组学中心的研究人员能够估计一个物种几千年前的遗传变异水平和模式, 以及这种变化是如何随时间变化的.
科学家们利用这些信息来确定一个物种的低遗传变异是否由最近人类影响的种群规模下降引起的, 或者从更遥远的过去(1999年)发生的衰退中恢复, 例如, 夏威夷鹅和夏威夷海燕). 科学家还可以利用古代DNA分析来重建灭绝和濒危动物的进化关系, 使他们能够更好地定义物种和种群及其进化的独特性.
使用这些方法, CCG的科学家们发现，曾经生活在夏威夷的五种蜜蜂(直到20世纪80年代才有一种)与澳大利亚的蜜蜂不同, 而是夏威夷鸟类的一个独特家族，与蜡翅鸟和绢捕蝇鸟关系最为密切. 趋同进化是因为相似的觅食习惯导致了欺骗性的相似性.
古代DNA方法也被证明对野生动物疾病的研究非常有用. 它们可以让科学家确定入侵病原体何时在本地宿主种群中定居, 引入载体的遗传变化, 甚至评估宿主和寄生虫之间可能发生的共同进化.
CCG的研究人员一直是应用古代DNA方法解决保护和进化生物学问题的领导者. 著名的研究涉及已灭绝和濒危的夏威夷蜜雀, 黑足雪貂, 斑驴, 印度的狼, 象牙嘴啄木鸟和加蓬的一种新种森林知更鸟.